L'espérance de vie en Franche-Comté est comparable à la moyenne nationale, quel que soit le sexe, à la naissance, comme à 60 ans.
En Franche-Comté, en 2007, un homme pouvait espérer vivre 77,6 ans et une femme 84,4 ans. Quant à l’espérance de vie à 60 ans, elle est de 21,6 ans chez les hommes et 26,4 ans chez les femmes.
Le Territoire de Belfort est le département le moins favorisé de la région pour le nombre d'années moyen restant à vivre au-delà de 60 ans : 20,8 pour les hommes contre 22,8 dans le Jura, et 25,9 pour les femmes contre 26,6 dans le Doubs.

En 2005, en Franche-Comté, le nombre de nouveaux cas de cancers (hors cancer de la peau non mélaniques) a été estimé à 5 760 dont 58 % chez les hommes. Les cancers de la prostate, du poumon et du côlon-rectum représentent 58 % des nouveaux cas de cancers de l’homme. Les cancers du sein et du côlon-rectum représentent 49 % des nouveaux cas de cancers chez la femme.

Les admissions en Affections de longue durée (ALD) sont une des principales sources de données de morbidité suivies en continu. Elles concernent des pathologies nécessitant un traitement long et coûteux, ayant justifié l’exonération du ticket modérateur par la caisse d’Assurance maladie avec l’accord du médecin conseil.
Quatre groupes d’affections représentent plus de 80 % des ALD : les affections cardiovasculaires (32 %), les tumeurs (25 %), le diabète (18 %), les psychoses, troubles graves de la personnalité et arriérations mentales (7 %).

La Franche-Comté se distingue par une consommation de tabac légèrement inférieure à celle qui est constatée au niveau national (54 paquets de cigarettes vendus par an par personne de plus de 18 ans contre 59 en France), ce qui est confirmé par des enquêtes auprès de la population.
Toutefois, deux départements (Haute-Saône et Territoire de Belfort) présentent une surmortalité pour les décès liés au tabac par rapport au national. Le développement du tabagisme chez les femmes entraine, comme au niveau national, une progression de la mortalité par cancer du poumon dans cette population (+161 % chez les femmes entre 1984 et 2004).

L'usage régulier de boissons alcoolisées de la part des jeunes francs-comtois est équivalent à celui relevé au niveau national, selon l’enquête Escapad 2008. Chez les 20 à 70 ans, les consultations en centres spécialisés et les interpellations pour ivresse sur la voie publique sont en revanche nombreuses et la région se classe respectivement au 2ème et 6ème rang pour ces indicateurs. La mortalité d'origine alcoolique est inférieure à la moyenne nationale quand elle concerne les maladies du foie pour les deux sexes, et les psychoses alcooliques pour les femmes.

Le recours aux structures de prise en charge de personnes consommant des drogues illicites est supérieur à ce qui est relevé au niveau national. Toutefois, les disparités entre départements de la région sont importantes.

La mortalité par accidents de la route, par accidents de la vie courante (AvC) et par suicides sont toutes les trois plus élevées en Franche-Comté qu’en France métropolitaine.

Source : ARS Franche-Comté, ORS de Franche-Comté. Panorama de la santé et de l'autonomie en Franche-Comté. Synthèse. Besançon : ARS Franche-Comté, octobre 2010. 31 p.

Entre 2000 et 2009, la région a disposé d’un observatoire régional des tentatives de suicide incluant les tentatives de suicide hospitalisées dans les services d’urgence de la région. Entre 2000 et 2002, le nombre moyen annuel de tentatives de suicide enregistré était de 3 361 ; entre 2003-2005 il a atteint 3570 ; et s’est situé à 3 442 entre 2006 et 2008.
Les données de mortalité fournies par l’INSERM (Cépi-Dc), via les certificats de décès, indiquent qu’entre 2006 et 2008, la région a enregistré en moyenne, chaque année, plus de 187 décès de Francs-Comtois par suicide. Plus d’un décès sur 2 concernent des personnes âgées de 35 à 55 ans. Les hommes sont sur-représentés parmi les personnes décédées par suicide et constituent plus de 70% de ces décès. Au sein des 4 départements de la région, le Doubs a enregistré en moyenne, annuellement, 79 décès entre 2006 et 2008, le Jura 38, la Haute-Saône 41, et le Territoire de Belfort 45.
Au sein de ces départements, le Territoire de Belfort présente un taux standardisé de mortalité (taux que l’on observerait dans le département si il avait la même structure par âge révolu, moins de 1 an à 95 ans et plus, que la population de référence France entière au recensement 2006) qui reste supérieur à celui de la région depuis 10 ans et se situe actuellement à 26 pour 100 000 personnes alors qu’il est à 18 décès pour 100 000 personnes en région.
L’Indice comparatif de décès par suicide (ICM), c’est à dire le rapport entre le nombre de décès observé et le nombre de décès qui serait obtenu si les taux de mortalité par sexe et âge révolu (moins d'un an à 95 ans et plus) étaient identiques aux taux nationaux, calculé pour la Franche-Comté signale une surmortalité de la région par rapport à la moyenne nationale. La région présentait en 2000 un ICM de 119, supérieur de 20 points à celui pour la France entière. Cet indice a atteint 121 en 2002, a baissé à 108 en 2006 et atteint 111 en 2007. Au sein de la région, les écarts sont marqués notamment face au Territoire de Belfort dont l’indice est, en 2007, supérieur de près de 60 points à celui observé en France et de 47 points par rapport celui de la région.

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